10x Visium CytAssist HD
产品参数
| 平台 | 10x Visium CytAssist |
| 技术原理 | 基于探针捕获 |
| 适合物种 | 人和小鼠 |
| 样本兼容性 | FF（新鲜冷冻样本）/ FFPE（石蜡包埋样本） |
| 分辨率 | 2μm（无间隙） |
| 捕获区域 | 6.5mm * 6.5mm |
| 检测基因 | 人：大约18000个基因； 小鼠：大约19000个基因 |
| 适用场景 | 精细解剖结构研究（如脑区划分、肿瘤异质性研究） |
产品介绍
10x Visium CytAssist HD空间转录组测序是10x Genomics公司于2024年推出的新一代高分辨率空间转录组测序技术，Visium HD采用探针捕获技术，基于CytAssist仪器转片，由于无需预透化实验使得整个实验简洁高效，捕获区域为6.5×6.5 mm规格，以2×2μm带有空间位置标签小方格连续无间隙排列从而实现单细胞分辨率，为肿瘤生物学、神经科学、发育生物学及临床研究提供更精细的分子图谱。
技术原理
组织样本准备：新鲜冷冻（FF）或福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本，切片后可贴附于标准载玻片
组织染色与成像：对切片进行染色（比如HE）
探针杂交&连接：将探针与组织切片上的mRNA进行过夜杂交，探针杂交后，将两张标准载玻片和一张含两个捕获区域的Visium玻片放入CytAssist仪器中，使普通玻片上的组织切片与2个Visium捕获区域对齐后通过CytAssist仪器捕捉明场图像
探针释放与捕获：通过运行CytAssist将普通玻片上的转录组信息原位转移到基因表达芯片的捕获区域（探针释放与捕获），从而获取样本切片不同空间位置的转录本的表达水平
探针延伸与文库构建：将Visium基因表达芯片从仪器中取出，进行后续的探针延伸和基因表达文库构建
高通量测序：使用Illumina平台或DNBSEQ-T7平台进行测序，获取每个空间位置的基因表达数据
数据分析：10x Space Ranger表达定量分析与Loupe Browser交互式查看基因表达的空间分布
10x Visium HD 芯片设计示意图（以6.5mm*6.5mm为例）（来源：10x Genomics）
10x Visium HD文库结构示意图（来源：10x Genomics）
产品优势
单细胞级空间分辨率：通过2μm超高密度探针阵列，实现单细胞级别的基因定位，精准空间定位稀有细胞亚群
优化的探针设计：探针支持人与小鼠全转录组覆盖
多模态数据无缝整合：基因表达数据与HE染色自动对齐，实现组织形态与转录组关联分析
应用方向
肿瘤生物学与精准医疗：绘制肿瘤亚克隆空间图谱、空间特异性生物标志物
神经科学与脑疾病研究：解析神经元亚型在脑区的精确分布、追踪神经退行性疾病病理特征
发育与再生医学：胚胎发育中细胞命运决定的时空动态、类器官模型空间模拟度评估
免疫学与炎症疾病：可视化免疫细胞-基质细胞互作、定位自身免疫病的炎症起始灶
临床病理与生物标志物发现：空间多组学队列研究、空间预后模型
样本要求
样品类型 | 保存容器 | 样本量 | 厚度 | 运输方式 | 备注 |
石蜡块（人和小鼠） | / | 组织含量≥50mg 能切出至少10张3μm切片 | / | 冰袋运输，4℃入库（冬天可常温运输） | DV200需大于50 |
*白片（人和小鼠）+蜡卷/oct样本 | 切片盒+EP管 | 3 张连续切片+切片前对刀口从切出组织的第一刀直到样本全部暴露的所有蜡卷或修片时采集100um厚oct样本或蜡卷，感兴趣的区域捞在玻片的正中间。感兴趣的区域不能斜着。不然没办法转片。 | 石蜡样本：5μm 冰冻样本：10μm | 石蜡切片：冰袋运输， 4℃入库 冰冻切片：干冰运输， -20℃或-80℃入库 | 不要超区 使用防脱载玻片（推荐松浪PRO系列防脱载玻片） |
蜡膜（拼片，人和小鼠） | 离心管 或 6 孔 板+EP管+切片盒 | 6 张连续切片+ 1 张白片+切片前对刀口从切出组织的第一刀直到样本全部暴露的所有蜡卷， （HE +正式实验+备用） *取样过程有引入水珠的风 险，引起蜡膜受潮等影响， 因此建议准备一张白片直接 用于 HE | 5μm | 干冰运输，-80℃入库 | 蜡膜容器必须保持干燥 蜡膜容器外围用透明胶缠好，保证密封 到达实验室的蜡膜在容器内是浮游状态，才会被判为合格样本并入库 DV200需大于50 |
冰冻样本 | OCT样本：锡纸封紧，自封袋包装。 液氮速冻样本：冻存管 | 组织含量≥50mg | / | 干冰运输，-80℃入库 | DV200需大于50（人和小鼠） RIN需大于7（动物） |
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产品参数
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产品介绍
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技术原理
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产品优势
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应用方向
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样本要求
