10x Visium CytAssist V2

        10x Visium空间转录组测序是一种新一代能够组织切片上解析基因空间表达分布模式的技术，它采用玻片芯片技术，每张玻片包含4个6.5×6.5 mm的捕获区域，每个区域约5000个Spot，每个Spot根据不同组织类型约包含1到10个细胞，最新的V2版本基于杂交探针方式，通过切片组织渗透出来的探针与玻片上带有空间位置条形码的polyT捕获探针结合，实现基因表达数据与空间位置的匹配，该技术可在FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）或新鲜冷冻组织中，结合组织形态学信息绘制全转录组图谱，提供关于发育、疾病病理及临床转化研究的新见解。

组织样本准备：新鲜冷冻（FF）或福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本，切片后可贴附于标准载玻片

组织染色与成像：对切片进行染色（比如HE）

探针杂交&连接：将探针与组织切片上的mRNA进行过夜杂交，探针杂交后，将两张标准载玻片和一张含两个捕获区域的Visium玻片放入CytAssist仪器中，使普通玻片上的组织切片与2个Visium捕获区域对齐后通过CytAssist仪器捕捉明场图像

探针释放与捕获：通过运行CytAssist将普通玻片上的转录组信息原位转移到基因表达芯片的捕获区域（探针释放与捕获），从而获取样本切片不同空间位置的转录本的表达水平

探针延伸与文库构建：将Visium基因表达芯片从仪器中取出，进行后续的探针延伸和基因表达文库构建

高通量测序：使用Illumina平台或DNBSEQ-T7平台进行测序，获取每个空间位置的基因表达数据

数据分析：10x Space Ranger表达定量分析与Loupe Browser交互式查看基因表达的空间分布

10x Visium 芯片设计示意图（以6.5mm*6.5mm为例）（来源：10x Genomics）

10x Visium 文库结构示意图（来源：10x Genomics）

空间信息保留与全转录组覆盖：在完整保留组织空间位置信息的同时，实现全转录组的高通量检测

多模态数据整合能力：支持将表达数据与HE染色图形精准叠加，实现形态与转录组联合分析

高灵敏度与标准化流程：V2版本通过优化探针和化学试剂，显著提升低表达基因检出率，从样本制备到数据分析的标准化流程

肿瘤微环境解析：揭示肿瘤异质性、免疫细胞空间分析及耐药机制

神经科学研究：绘制脑区的基因表达图谱

发育生物学研究：追踪胚胎或器官发育过程中的基因表达时空规律

炎症与自身免疫疾病：定位炎症病灶中的关键细胞亚群及信号传导网络

临床转化与生物标志物发现：从空间维度挖掘疾病诊断或治疗靶点